台灣基督長老教會是普世長老教會及改革宗教會大家庭的一份子。它的歷史根源，可以上溯至臺灣三大西方醫療傳道之濫
觴，此即公元1865年英國長老教會宣教師馬雅各醫生在南部之宣教，及公元1872年加拿大長老教會宣教師馬偕博士在北部
所開展的宣教工作，及公元1896年英國基督長老教會宣教師梅堅霧與蘭大衛在彰化進行醫療傳道事工。

公元1865年由英國基督長老教會宣教師馬雅各醫師（Dr. James L. Maxwell, M.A., M.D., 1836-1921） 奉差派來台灣，選定台灣
府（就是台南）做英國長老教會台灣宣教的中心，在台南（看西街亭仔腳）設醫館及禮拜堂，進行醫療傳道事工。在從事
醫療傳道工作時，開始慢慢地帶給台灣地區人民新生、進步和繁榮的希望。同時，也為本地人民帶來西方文明思想，使台
灣的醫術科學化，並對世界的歷史、天文、地理和數學常識有更深一層的認識。當時英國教會派到台灣的宣教師都是英國
傑出的醫師、教育家和科學家，他們一起到台南首創新樓醫院，立刻展開醫療和傳道的工作，接著幫助民眾吸收中西文
化、科學知識、聖經要義及基督教的福音。約於公元1870年在各地教會開設小學，並於公元1883年3月15日決定創辦教會中
學。公元1885年9月21日（清光緒11年），正式由英國基督長老教會選定府城台南，創辦了台灣第一所西式中學－「長老教
會中學」，即今日「長榮高級中學」的前身，迄今已有126年的悠久歷史，首任校長為余饒理先生（Mr. George Ede）。